Collado-Vides, Julio: шукати на сайті Z-Library

Journal of Theoretical Biology

Журнал:

Рік:

1989

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.22 MB

english, 1989

Redefining fundamental concepts of transcription initiation in bacteria

MejÃa-Almonte, Citlalli, Busby, Stephen J. W., Wade, Joseph T., van Helden, Jacques, Arkin, Adam P., Stormo, Gary D., Eilbeck, Karen, Palsson, Bernhard O., Galagan, James E., Collado-Vides, Julio

Журнал:

Nature Reviews Genetics

Рік:

2020

Файл:

PDF, 1.94 MB

2020

Modeling and simulation of metabolic pathways, gene regulation and cell differentiation

Ralf Hofestädt, Michael Mavrovouniotis, Julio Collado-Vides, Markus Löffler

Журнал:

BioEssays

Рік:

1996

Мова:

english

Файл:

PDF, 444 KB

english, 1996

Environmental conditions and transcriptional regulation in Escherichia coli: a physiological integrative approach

Agustino Martínez-Antonio, Heladia Salgado, Socorro Gama-Castro, Rosa María Gutiérrez-Ríos, Verónica Jiménez-Jacinto, Julio Collado-Vides

Журнал:

Biotechnology and Bioengineering

Рік:

2003

Мова:

english

Файл:

PDF, 364 KB

english, 2003

The Elements for a Classification of Units of Genetic Information with a Combinatorial Component

Journal of Theoretical Biology

Журнал:

Рік:

1993

Файл:

PDF, 875 KB

1993

A linguistic representation of the regulation of transcription initiation. II. Distinctive features of sigma 70 promoters and their regulatory binding sites

Журнал:

Рік:

1993

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.59 MB

english, 1993

A linguistic representation of the regulation of transcription initiation. I. An ordered array of complex symbols with distinctive features

Журнал:

Ernesto Pérez-Rueda, Julio Collado-Vides, Lorenzo Segovia

Рік:

1993

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.25 MB

english, 1993

Phylogenetic distribution of DNA-binding transcription factors in bacteria and archaea

Журнал:

Computational Biology and Chemistry

Рік:

2004

Мова:

english

Файл:

PDF, 227 KB

english, 2004

A syntactic representation of units of genetic information—A syntax of units of genetic information

Journal of Theoretical Biology

Журнал:

Рік:

1991

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.63 MB

english, 1991

Networks of transcriptional regulation encoded in a grammatical model

Julio Collado-Vides, Rosa Marı́a Gutièrrez-Rı́os, Gemma Bel-Enguix

Журнал:

Abel González Pérez, Vladimir Espinosa Angarica, Julio Collado-Vides, Ana Tereza Ribeiro Vasconcelos

Рік:

1998

Мова:

english

Файл:

PDF, 143 KB

english, 1998

From sequence to dynamics: the effects of transcription factor and polymerase concentration changes on activated and repressed promoters

Журнал:

BMC Molecular Biology

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.94 MB

english, 2009

Analysis of the Cellular Functions ofEscherichia coliOperons and Their Conservation inBacillus subtilis

Antoine de Daruvar, Julio Collado-Vides, Alfonso Valencia

Журнал:

Journal of Molecular Evolution

Рік:

2002

Мова:

english

Файл:

PDF, 117 KB

english, 2002

Common History at the Origin of the Position–Function Correlation in Transcriptional Regulators in Archaea and Bacteria

Ernesto Pérez-Rueda, Julio Collado-Vides

Журнал:

Journal of Molecular Evolution

Рік:

2001

Мова:

english

Файл:

PDF, 276 KB

english, 2001

Modeling and simulation of gene regulation and metabolic pathways

Julio Collado-Vides, Ralf Hofestädt, Michael Mavrovouniotis, Gerhard Michal

Журнал:

Enrique Balleza, Lucia N. López-Bojorquez, Agustino Martínez-Antonio, Osbaldo Resendis-Antonio, Irma Lozada-Chávez, Yalbi I. Balderas-Martínez, Sergio Encarnación, Julio Collado-Vides

Рік:

1999

Мова:

english

Файл:

PDF, 55 KB

english, 1999

Regulation by transcription factors in bacteria: beyond description

Журнал:

FEMS Microbiology Reviews

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 612 KB

english, 2009

The Condition-Dependent Transcriptional Network in Escherichia coli

Karen Lemmens, Tijl De Bie, Thomas Dhollander, Pieter Monsieurs, Bart De Moor, Julio Collado-Vides, Kristof Engelen, Kathleen Marchal

Журнал:

Annals of the New York Academy of Sciences

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 222 KB

english, 2009

Minimum information requested in the annotation of biochemical models (MIRIAM)

Novère, Nicolas Le, Finney, Andrew, Hucka, Michael, Bhalla, Upinder S, Campagne, Fabien, Collado-Vides, Julio, Crampin, Edmund J, Halstead, Matt, Klipp, Edda, Mendes, Pedro

Журнал:

Nature Biotechnology

Рік:

2005

Мова:

english

Файл:

PDF, 216 KB

english, 2005

Modular analysis of the transcriptional regulatory network of E. coli

Osbaldo Resendis-Antonio, Julio A. Freyre-González, Ricardo Menchaca-Méndez, Rosa M. Gutiérrez-Ríos, Agustino Martínez-Antonio, Cristhian Ávila-Sánchez, Julio Collado-Vides

Журнал:

Trends in Genetics

Рік:

2005

Мова:

english

Файл:

PDF, 187 KB

english, 2005

Transcription unit conservation in the three domains of life: a perspective from Escherichia coli

Gabriel Moreno-Hagelsieb, Victor Treviño, Ernesto Pérez-Rueda, Temple F Smith, Julio Collado-Vides

Журнал:

Trends in Genetics

Рік:

2001

Мова:

english

Файл:

PDF, 45 KB

english, 2001

GETools: gene expression tool for analysis of transcriptome experiments in E. coli

Araceli M. Huerta, Jeremy D. Glasner, Rosa Marı́a Gutiérrez-Rı́os, Fred R. Blattner, Julio Collado-Vides

Журнал:

Trends in Genetics

Рік:

2002

Мова:

english

Файл:

PDF, 40 KB

english, 2002

The comprehensive updated regulatory network ofEscherichia coliK-12

Heladia Salgado, Alberto Santos-Zavaleta, Socorro Gama-Castro, Martín Peralta-Gil, Mónica I Peñaloza-Spínola, Agustino Martínez-Antonio, Peter D Karp, Julio Collado-Vides

Журнал:

BMC Bioinformatics

Рік:

2006

Мова:

english

Файл:

PDF, 219 KB

english, 2006

Automatic reconstruction of a bacterial regulatory network using Natural Language Processing

Carlos Rodríguez-Penagos, Heladia Salgado, Irma Martínez-Flores, Julio Collado-Vides

Журнал:

BMC Bioinformatics

Рік:

2007

Мова:

english

Файл:

PDF, 579 KB

english, 2007

Impact of Transcription Units rearrangement on the evolution of the regulatory network of gamma-proteobacteria

Abel D González Pérez, Evelyn González González, Vladimir Espinosa Angarica, Ana Tereza R Vasconcelos, Julio Collado-Vides

Журнал:

BMC Genomics

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 936 KB

english, 2008

Identification of regulatory network topological units coordinating the genome-wide transcriptional response to glucose inEscherichia coli

Rosa María Gutierrez-Ríos, Julio A Freyre-Gonzalez, Osbaldo Resendis, Julio Collado-Vides, Milton Saier, Guillermo Gosset

Журнал:

BMC Microbiology

Рік:

2007

Мова:

english

Файл:

PDF, 896 KB

english, 2007

Genomic position analyses and the transcription machinery

Ernesto Pérez-Rueda, Jay D. Gralla, Julio Collado-Vides

Журнал:

Norma-Angélica Oviedo, Heladia Salgado, Julio Collado-Vides, Gabriel Guarneros

Рік:

1998

Мова:

english

Файл:

PDF, 198 KB

english, 1998

Distribution of minigenes in the bacteriophage lambda chromosome

Журнал:

Gene

Рік:

2004

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.28 MB

english, 2004

Sigma70 Promoters in Escherichia coli: Specific Transcription in Dense Regions of Overlapping Promoter-like Signals

Araceli M. Huerta, Julio Collado-Vides

Журнал:

Vladimir Espinosa, Abel D. González, Ana T. Vasconcelos, Araceli M. Huerta, Julio Collado-Vides

Рік:

2003

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.35 MB

english, 2003

Comparative Studies of Transcriptional Regulation Mechanisms in a Group of Eight Gamma-proteobacterial Genomes

Журнал:

Sarath Chandra Janga, Heladia Salgado, Julio Collado-Vides, Agustino Martínez-Antonio

Рік:

2005

Мова:

english

Файл:

PDF, 573 KB

english, 2005

Internal Versus External Effector and Transcription Factor Gene Pairs Differ in Their Relative Chromosomal Position in Escherichia coli

Журнал:

Irma Lozada-Chávez, Vladimir Espinosa Angarica, Julio Collado-Vides, Bruno Contreras-Moreira

Рік:

2007

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.02 MB

english, 2007

The Role of DNA-binding Specificity in the Evolution of Bacterial Regulatory Networks

Журнал:

Agustino Martı́nez-Antonio, Julio Collado-Vides

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.27 MB

english, 2008

Identifying global regulators in transcriptional regulatory networks in bacteria

Журнал:

Current Opinion in Microbiology

Рік:

2003

Мова:

english

Файл:

PDF, 480 KB

english, 2003

Internal-sensing machinery directs the activity of the regulatory network in Escherichia coli

Agustino Martínez-Antonio, Sarath Chandra Janga, Heladia Salgado, Julio Collado-Vides

Журнал:

Trends in Microbiology

Рік:

2006

Мова:

english

Файл:

PDF, 410 KB

english, 2006

Prediction of TF target sites based on atomistic models of protein-DNA complexes

Vladimir Espinosa Angarica, Abel González Pérez, Ana T Vasconcelos, Julio Collado-Vides, Bruno Contreras-Moreira

Журнал:

BMC Bioinformatics

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 703 KB

english, 2008

With the finished human genome in hand, what next?

Julio Collado-Vides, Arturo Medrano-Soto, Maria Teresa Tusié-Luna

Журнал:

Genome Biology

Рік:

2003

Мова:

english

Файл:

PDF, 60 KB

english, 2003

Evaluation of thresholds for the detection of binding sites for regulatory proteins inEscherichia coliK12 DNA

Esperanza Benítez-Bellón, Gabriel Moreno-Hagelsieb, Julio Collado-Vides

Журнал:

Genome Biology

Рік:

2002

Мова:

english

Файл:

PDF, 250 KB

english, 2002

On the trail of EHEC/EAEC—unraveling the gene regulatory networks of human pathogenic Escherichia coli bacteria

Pauling, Josch, Röttger, Richard, Neuner, Andreas, Salgado, Heladia, Collado-Vides, Julio, Kalaghatgi, Prabhav, Azevedo, Vasco, Tauch, Andreas, Pühler, Alfred, Baumbach, Jan

Журнал:

Integrative Biology

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.23 MB

english, 2012

Structural and functional map of a bacterial nucleoid

Agustino Martínez-Antonio,Alejandra Medina-Rivera,Julio Collado-Vides

Журнал:

Genome Biology

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.21 MB

english, 2009

The Network of Transcriptional Interactions Imposes Linear Constrains in the Genome

Menchaca-Mendez, Ricardo, Janga, Sarath Chandra, Collado-Vides, Julio

Журнал:

Omics A Journal of Integrative Biology

Рік:

2005

Мова:

english

Файл:

PDF, 219 KB

english, 2005

Metabolic Reconstruction and Modeling of Nitrogen Fixation in Rhizobium etli

Resendis-Antonio, Osbaldo, Reed, Jennifer L., Encarnación, Sergio, Collado-Vides, Julio, Palsson, Bernhard Ø.

Журнал:

PLoS Computational Biology

Рік:

2007

Мова:

english

Файл:

PDF, 681 KB

english, 2007

Syntactic recognition of regulatory regions in Escherichia coli

Rosenblueth, David A., Thieffry, Denis, Huerta, Araceli M., Salgado, Heladia, Collado-Vides, Julio

Журнал:

Bioinformatics

Рік:

1996

Мова:

english

Файл:

PDF, 744 KB

english, 1996

Selection for Unequal Densities of σ70 Promoter-Like Signals in Different Regions of Large Bacterial Genomes

Huerta, Araceli M., Francino, M. Pilar, Morett, Enrique, Collado-Vides, Julio

Журнал:

PLoS Genetics

Рік:

2006

Мова:

english

Файл:

PDF, 810 KB

english, 2006

The search for a grammatical theory of gene regulation is formally justified by showing the inadequacy of context-free grammars

Collado-Vides, Julio

Журнал:

Bioinformatics

Рік:

1991

Мова:

english

Файл:

PDF, 569 KB

english, 1991

Development of Genomic Sciences in Mexico: A Good Start and a Long Way to Go

Palacios, Rafael, Collado-Vides, Julio

Журнал:

PLoS Computational Biology

Рік:

2007

Мова:

english

Файл:

PDF, 144 KB

english, 2007

Grammatical Model of the Regulation of Gene Expression